สมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 16 ทรงเป็นบุตรของโยเซฟ และมาเรีย รัทซิงเงอร์ ประสูติในหมู่บ้านมาร์เคลท์ อัม อินน์ (Marktl am Inn) ในรัฐบาวาเรีย ประเทศเยอรมนี ไม่ไกลจากชายแดนประเทศออสเตรีย ทรงมีพี่น้อง 2 คน คนหนึ่งเป็นหญิงชื่อมาเรีย (เช่นเดียวกับพระชนนีของพระองค์) อีกคนหนึ่งเป็นพี่ชายคนโต ชื่อ เกออร์ก รัทซิงเงอร์ (บวชเป็นบาทหลวงเช่นเดียวกับพระองค์) พระองค์ได้เข้าไปศึกษาเพื่อเตรียมตัวเป็นบาทหลวงในเซมินารี ในเมือง Traunstein เมื่อปี ค.ศ. 1939 (พ.ศ. 2482)

เมื่อสงครามโลกครั้งที่สองอุบัติขึ้น พระองค์เข้าร่วมเป็นสมาชิกของหน่วยยุวชนฮิตเลอร์ (เด็กชายทุกคนในปี ค.ศ. 1941 (พ.ศ. 2484) ต้องเข้าร่วม) เมื่อกองทัพเยอรมันต้องการกำลังทหาร พระองค์ก็ถูกเกณฑ์เข้าไปเป็นพลปืนต่อต้านอากาศยาน ซึ่งพระองค์มีหน้าที่ดูแลเครื่องบินและต่อมาทรงย้ายไปประจำที่ศูนย์สื่อสารทางโทรศัพท์ ต่อมาในปี 1944 (พ.ศ. 2487) พระองค์และเพื่อนร่วมชั้นก็ออกจากกองต่อต้านอากาศยาน แต่กลับถูกเกณฑ์อีกครั้งเพื่อไปประจำที่ชายแดนซึ่งติดต่อกับฮังการี พระองค์มีหน้าที่ติดตั้งอุปกรณ์ไว้ป้องกันกองทัพรถถังโซเวียต ในเดือนพฤศจิกายนปีนั้น พระองค์ก็ออกจากกองทัพและมุ่งหน้ากลับบ้าน สามสัปดาห์ผ่านไปพระองค์ก็ได้รับหมายเรียกให้รับการฝึกเป็นทหารราบ แต่ทรงไม่เคยต้องออกไปยังแนวหน้า

ในเดือนเมษายน 1945 (พ.ศ. 2488) (ก่อนหน้านาซีจะยอมแพ้ไม่นาน) พระองค์ก็หนีทัพและกลับไปยังหมู่บ้านของพระองค์ แต่ภายหลังสงคราม พระองค์ถูกจับในฐานะเชลยเนื่องจากทัพฝ่ายสัมพันธมิตรสรุปว่าพระองค์เป็นทหาร พระองค์ต้องไปเข้าค่ายกักกันเชลยศึก พระองค์ออกจากค่ายเมื่อวันที่ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2488 พระองค์ได้เริ่มเดินด้วยเท้าเป็นระยะทาง 120 กิโลเมตรเพื่อกลับหมู่บ้าน แต่ได้รับการช่วยเหลือจากรถส่งนมที่พาพระองค์ไปส่งที่เมืองเธราน์ชไตน์ (Traunstein) เมื่อพระองค์กลับถึงบ้าน ก็ได้พบกับพี่ชายซึ่งได้รับการปล่อยตัวมาจากค่ายเชลยศึกในประเทศอิตาลีเช่นเดียวกัน